食用菌刚刚起步发展的时候，菌种都是用玻璃菌种瓶制作的，用玻璃菌种瓶制作菌种有许多优点，比如说透明度高，方便检查有没有污染，还有玻璃散热快，菌丝生长过程中发出的热量很容易散发出去。但是它最主要的缺点就是瓶口面上的老菌块不好处理，因为接种前要挖掉瓶口表面一层老菌块，容易把瓶口表面带有杂菌的老菌块搅拌，遗留在我们要接种的菌种上，造成接种的汚染。

        老一辈的菌种生产者，在长期的菌种生产中，知道了不管瓶口表面看得到或看不到杂菌，都要一律视为有杂菌。

        为了解决这个可能造成污染的问题，最早期采用敲破玻璃瓶的底部，从底部取菌种来接，防止了从瓶口带来杂菌污染的危险性。

        日本、台湾、韩国的菌种生产者，是采用喷火枪将瓶口表面进行火烧处理，将有可能潜在的杂菌烧死，当然也会烫死上面一小部分菌丝，然后挖掉上面一层被高温烧死的菌丝，这样也是很安全的，只是比较麻烦一点。

       为了解决这个令人头疼的问题，龙海市九湖食用菌研究所在上个世纪80年代初，就采用塑料袋代替玻璃瓶生产菌种来解决这个问题。

        用塑料袋生产的菌种，最大的优点就是免除了从袋口处理老菌种，从而带来杂菌污染的风险。使用时，不能打开盖子拿下套环，而是在袋子上端2~3厘米处用小刀环割一圈，把上端2~3厘米的菌种和套环盖子一起拿掉，注意2~3厘米的料和袋子、套环、盖子不能脱离，否则就有使料面隐性杂菌造成感染的可能。然后使用下面的菌种接种，安全可靠，避免了因袋口带来的杂菌产生的感染。这种方法经过30多年的验证，杂菌污染率低，安全可靠，不会因为菌种带来的杂菌污染。

         除了用上述的操作方法。固体菌种的接种还要注意的是，先夹一小块菌种，从中间打孔的地方插到袋子的中间，然后再加比较大块的菌种，放在袋口处，用这种接种镊子，把菌铺满整个套环口，称之为封口菌种，用菌种把整个袋口铺满，形成一层隔离层，即使有杂菌的孢子掉到袋里面，也不能萌发，是提高成功率，减少污染率的一个好方法。